Serialize to/from memory buffer, RData file, RObject (SEXP)
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src/Rmemory-object.c
Normal file
388
src/Rmemory-object.c
Normal file
@@ -0,0 +1,388 @@
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||||
#include <stdio.h>
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||||
#include <string.h>
|
||||
#include <errno.h>
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||||
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||||
#include <R.h>
|
||||
#include <Rinternals.h>
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||||
#include <Rembedded.h>
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||||
|
||||
#include "Rmagic.h"
|
||||
#include "Rmemory-object.h"
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||||
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||||
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||||
int rdataToMemory(const char *filename, struct rmemoryobject_t *memObj)
|
||||
{
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size_t iosz;
|
||||
FILE *fp;
|
||||
int magicSize;
|
||||
|
||||
// Open the file
|
||||
fp = fopen(filename, "rb");
|
||||
if (fp == 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "fopen: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
return errno;
|
||||
}
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||||
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||||
// Read the magic from the file
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||||
memObj->magic = R_ReadMagic(fp);
|
||||
if (memObj->magic == R_MAGIC_EMPTY || memObj->magic == R_MAGIC_CORRUPT) {
|
||||
fprintf(stderr, "R_ReadMagic: (%d) Error reading magic/magic corrupted\n", memObj->magic);
|
||||
fclose(fp);
|
||||
return EINVAL;
|
||||
}
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||||
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||||
// Get the current position (ie length of the magic)
|
||||
magicSize = ftell(fp);
|
||||
if (magicSize <= 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "ftell: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
fclose(fp);
|
||||
return errno;
|
||||
}
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||||
|
||||
// Seek to the end of the file
|
||||
if (fseek(fp, 0, SEEK_END) != 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "fseek: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
fclose(fp);
|
||||
return errno;
|
||||
}
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||||
|
||||
// Get the current position (ie length of the file + magic)
|
||||
memObj->bufsz = ftell(fp) - magicSize;
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||||
if (memObj->bufsz <= 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "ftell: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
fclose(fp);
|
||||
return errno;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Go back to the (nearly) the beginning of the file
|
||||
if (fseek(fp, magicSize, SEEK_SET) != 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "fseek: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
fclose(fp);
|
||||
return errno;
|
||||
}
|
||||
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||||
// Allocate a memory buffer for the file contents
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||||
memObj->buf = (char *)malloc((memObj->bufsz) * sizeof(char));
|
||||
if (memObj->buf == 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "malloc: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
fclose(fp);
|
||||
return errno;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Read the file contents to the memory buffer
|
||||
iosz = fread(memObj->buf, sizeof(char), memObj->bufsz, fp);
|
||||
if (iosz == 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "fread: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
fclose(fp);
|
||||
return errno;
|
||||
}
|
||||
if (iosz != memObj->bufsz) {
|
||||
fprintf(stderr, "fread: Not enough bytes (got %lu, expected %lu)\n", iosz, memObj->bufsz);
|
||||
fclose(fp);
|
||||
return ENODATA;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Close the file
|
||||
if (fclose(fp) != 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "fclose: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
return errno;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// If you got here, well done, have a zero
|
||||
return 0;
|
||||
}
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||||
int memoryToRData(const char *filename, struct rmemoryobject_t memObj)
|
||||
{
|
||||
size_t iosz;
|
||||
FILE *fp;
|
||||
|
||||
// Open the file
|
||||
fp = fopen(filename, "wb");
|
||||
if (fp == 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "fopen: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
return errno;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Write the R magic
|
||||
if (R_WriteMagic(fp, memObj.magic) != 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "R_WriteMagic: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
fclose(fp);
|
||||
return errno;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Write the file contents from the memory buffer
|
||||
iosz = fwrite(memObj.buf, sizeof(char), memObj.bufsz, fp);
|
||||
if (iosz == 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "fwrite: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
fclose(fp);
|
||||
return errno;
|
||||
}
|
||||
if (iosz != memObj.bufsz) {
|
||||
fprintf(stderr, "fwrite: Not enough bytes (wrote %lu, expected %lu)\n", iosz, memObj.bufsz);
|
||||
fclose(fp);
|
||||
return ENODATA;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Close the file
|
||||
if (fclose(fp) != 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "fclose: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
return errno;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// If you got here, well done, have a zero
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
SEXP memoryToRObject(struct rmemoryobject_t memObj)
|
||||
{
|
||||
FILE *fp;
|
||||
struct R_inpstream_st rin;
|
||||
SEXP rObj;
|
||||
int format;
|
||||
|
||||
switch (memObj.magic) {
|
||||
case R_MAGIC_ASCII_V2:
|
||||
case R_MAGIC_ASCII_V3:
|
||||
format = R_pstream_ascii_format;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case R_MAGIC_BINARY_V2:
|
||||
case R_MAGIC_BINARY_V3:
|
||||
format = R_pstream_binary_format;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case R_MAGIC_XDR_V2:
|
||||
case R_MAGIC_XDR_V3:
|
||||
format = R_pstream_xdr_format;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
default:
|
||||
fprintf(stderr, "Bad R magic: %d\n", memObj.magic);
|
||||
return R_NilValue;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Create a memory file device
|
||||
fp = fmemopen(memObj.buf, memObj.bufsz, "r");
|
||||
if (fp == NULL) {
|
||||
fprintf(stderr, "fmemopen: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
return R_NilValue;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Read the stream
|
||||
R_InitFileInPStream(&rin, fp, format, NULL, NULL);
|
||||
rObj = Rf_protect(R_Unserialize(&rin));
|
||||
|
||||
// Close the in-memory file device
|
||||
if (fclose(fp) != 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "fclose: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
}
|
||||
|
||||
// All done
|
||||
Rf_unprotect(1);
|
||||
return rObj;
|
||||
}
|
||||
struct rmemoryobject_t *robjectToMemory(SEXP rObj, int magic)
|
||||
{
|
||||
FILE *fp;
|
||||
int version;
|
||||
int format;
|
||||
struct R_outpstream_st rout;
|
||||
struct rmemoryobject_t memObj;
|
||||
struct rmemoryobject_t *memObjPtr;
|
||||
|
||||
// Get version and format from the R magic header
|
||||
switch (magic) {
|
||||
case R_MAGIC_ASCII_V2:
|
||||
case R_MAGIC_BINARY_V2:
|
||||
case R_MAGIC_XDR_V2:
|
||||
version = 2;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case R_MAGIC_ASCII_V3:
|
||||
case R_MAGIC_BINARY_V3:
|
||||
case R_MAGIC_XDR_V3:
|
||||
version = 3;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
default:
|
||||
fprintf(stderr, "Bad R magic: %d\n", magic);
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
switch (magic) {
|
||||
case R_MAGIC_ASCII_V2:
|
||||
case R_MAGIC_ASCII_V3:
|
||||
format = R_pstream_ascii_format;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case R_MAGIC_BINARY_V2:
|
||||
case R_MAGIC_BINARY_V3:
|
||||
format = R_pstream_binary_format;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case R_MAGIC_XDR_V2:
|
||||
case R_MAGIC_XDR_V3:
|
||||
format = R_pstream_xdr_format;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
default:
|
||||
fprintf(stderr, "Bad R magic: %d\n", magic);
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
memObj.magic = magic;
|
||||
|
||||
// Create an in-memory file
|
||||
fp = open_memstream(&(memObj.buf), &(memObj.bufsz));
|
||||
if (fp == NULL) {
|
||||
fprintf(stderr, "open_memstream: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Write to in-memory file
|
||||
R_InitFileOutPStream(&rout, fp, format, version, NULL, NULL);
|
||||
R_Serialize(rObj, &rout);
|
||||
|
||||
// Close the in-memory file
|
||||
if (fclose(fp) != 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "fclose: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// All done
|
||||
memObjPtr = (struct rmemoryobject_t *)malloc(sizeof(struct rmemoryobject_t));
|
||||
memcpy((void *)memObjPtr, (void *)&memObj, sizeof(struct rmemoryobject_t));
|
||||
|
||||
return memObjPtr;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
SEXP rdataToRObject(const char *filename)
|
||||
{
|
||||
size_t iosz;
|
||||
FILE *fp;
|
||||
int magic;
|
||||
struct R_inpstream_st rin;
|
||||
int format;
|
||||
SEXP rObj;
|
||||
|
||||
// Open the file
|
||||
fp = fopen(filename, "rb");
|
||||
if (fp == 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "fopen: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
return R_NilValue;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Read the magic from the file
|
||||
magic = R_ReadMagic(fp);
|
||||
if (magic == R_MAGIC_EMPTY || magic == R_MAGIC_CORRUPT) {
|
||||
fprintf(stderr, "R_ReadMagic: (%d) Error reading magic/magic corrupted\n", magic);
|
||||
fclose(fp);
|
||||
return R_NilValue;
|
||||
}
|
||||
switch (magic) {
|
||||
case R_MAGIC_ASCII_V2:
|
||||
case R_MAGIC_ASCII_V3:
|
||||
format = R_pstream_ascii_format;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case R_MAGIC_BINARY_V2:
|
||||
case R_MAGIC_BINARY_V3:
|
||||
format = R_pstream_binary_format;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case R_MAGIC_XDR_V2:
|
||||
case R_MAGIC_XDR_V3:
|
||||
format = R_pstream_xdr_format;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
default:
|
||||
fprintf(stderr, "Bad R magic: %d\n", magic);
|
||||
return R_NilValue;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Read the stream
|
||||
R_InitFileInPStream(&rin, fp, format, NULL, NULL);
|
||||
rObj = Rf_protect(R_Unserialize(&rin));
|
||||
|
||||
// Close the in-memory file device
|
||||
if (fclose(fp) != 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "fclose: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
}
|
||||
|
||||
// If you got here, well done
|
||||
return rObj;
|
||||
}
|
||||
int robjectToRData(const char *filename, SEXP rObj, int magic)
|
||||
{
|
||||
size_t iosz;
|
||||
FILE *fp;
|
||||
int version;
|
||||
int format;
|
||||
struct R_outpstream_st rout;
|
||||
|
||||
// Get version and format from the R magic
|
||||
switch (magic) {
|
||||
case R_MAGIC_ASCII_V2:
|
||||
case R_MAGIC_BINARY_V2:
|
||||
case R_MAGIC_XDR_V2:
|
||||
version = 2;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case R_MAGIC_ASCII_V3:
|
||||
case R_MAGIC_BINARY_V3:
|
||||
case R_MAGIC_XDR_V3:
|
||||
version = 3;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
default:
|
||||
fprintf(stderr, "Bad R magic: %d\n", magic);
|
||||
return EINVAL;
|
||||
}
|
||||
switch (magic) {
|
||||
case R_MAGIC_ASCII_V2:
|
||||
case R_MAGIC_ASCII_V3:
|
||||
format = R_pstream_ascii_format;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case R_MAGIC_BINARY_V2:
|
||||
case R_MAGIC_BINARY_V3:
|
||||
format = R_pstream_binary_format;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case R_MAGIC_XDR_V2:
|
||||
case R_MAGIC_XDR_V3:
|
||||
format = R_pstream_xdr_format;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
default:
|
||||
fprintf(stderr, "Bad R magic: %d\n", magic);
|
||||
return EINVAL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Open the file
|
||||
fp = fopen(filename, "wb");
|
||||
if (fp == 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "fopen: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
return errno;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Write the R magic
|
||||
if (R_WriteMagic(fp, magic) != 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "R_WriteMagic: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
fclose(fp);
|
||||
return errno;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Write to file
|
||||
R_InitFileOutPStream(&rout, fp, format, version, NULL, NULL);
|
||||
R_Serialize(rObj, &rout);
|
||||
|
||||
// Close the file
|
||||
if (fclose(fp) != 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "fclose: (%d) %s\n", errno, strerror(errno));
|
||||
return errno;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// If you got here, well done, have a zero
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
21
src/Rmemory-object.h
Normal file
21
src/Rmemory-object.h
Normal file
@@ -0,0 +1,21 @@
|
||||
#ifndef __R_MEMORY_OBJECT_H__
|
||||
#define __R_MEMORY_OBJECT_H__
|
||||
|
||||
#include <Rinternals.h>
|
||||
|
||||
struct rmemoryobject_t {
|
||||
char *buf;
|
||||
size_t bufsz;
|
||||
int magic;
|
||||
};
|
||||
|
||||
int rdataToMemory(const char *filename, struct rmemoryobject_t *objMem);
|
||||
int memoryToRData(const char *filename, struct rmemoryobject_t objMem);
|
||||
|
||||
SEXP memoryToRObject(struct rmemoryobject_t objMem);
|
||||
struct rmemoryobject_t *robjectToMemory(SEXP rObj, int magic);
|
||||
|
||||
SEXP rdataToRObject(const char *filename);
|
||||
int robjectToRData(const char *filename, SEXP rObj, int magic);
|
||||
|
||||
#endif // __R_MEMORY_OBJECT_H__
|
||||
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